Os primeiros habitantes de Itaiópolis chegaram à cidade, por volta de 1889. No ano seguinte, fundaram a Colônia Federal Lucena. Por volta de 1903, o povoado já era elevado à categoria de distrito, em decorrência da vinda de outras correntes imigratórias, tais como alemães, rutenos e também poloneses.
A fundação da Paróquia de Santo Estanislau, em Paraguaçu, aconteceu em 1901 e o Distrito em 1903, na época ainda fazendo parte do município de Rio Negro, com a municipalização em 18 de março de 1909, ficando a sede na Colônia Lucena, sendo instalado em 1° de julho de 1909.
Em 7 de setembro de 1917, Santa Catarina entrava na posse efetiva das terras que lhe couberam e o território do município extinto ficou fazendo parte do município catarinense de Mafra, criado à época. Ainda em 1917, pela lei n° 3, de dois de outubro, era criado outra vez o distrito de Itaiópolis, cuja instalação ocorreu em novembro do mesmo ano.
Um ano depois, Itaiópolis conquistou definitivamente sua emancipação, o município foi novamente criado, pela lei estadual n° 1120, de 28 de outubro de 1918 e instalado a 1° de janeiro do ano seguinte. Em 1 de janeiro de 1919, houve a reinstalação do município, que havia sido recriado em 1918 (Lei 1.220).
Em 27 de novembro de 1953, houve a criação da paróquia de Nossa Senhora Imaculada da Medalha Milagrosa, por desmembramento da Paróquia de Santo Estanislau, no Alto Paraguaçú.
Vários distritos foram compondo o Município, tais como Iracema, Moema, Iraputã, Itaió e, em 1982, foi criado o distrito de Santa Terezinha, que em 1991 foi desmembrado definitivamente de Itaiópolis, elevando-se à categoria de Município.
